Kedvelem az ilyen komoly témákat a fórumon. Elgondolkoztatóak és segítenek megelőzni nekem is a hasonló szívásokat.
Egy hasznos tool: http://mtop.sourceforge.net/ - megmutatja, melyik folyamat terheli leginkább. Ezzel térképeztem már fel hibásan indexelt sokmillió rekordos db-t.
Továbbá ennyi tábla (= fájl) esetén olyan problémád is lehet, hogy a kernel MAX OPEN FILEDESCRIPTOR paraméterét elérve a lezárásokra vár az SQL szerver fájlkezelő része.
Lásd: ulimit -n
Erre egy megoldás: http://www.cyberciti.biz/faq/linux-increase-the-maximum-number-of-open-…
Kíváncsi vagyok hogy végül mivel kerülöd el.