Nézd vissza az access logot, hogy mi volt. Jó eséllyel valamilyen elszabadult bot (akár indexelú, akár rosszindulatú) pörgette túl az erőforrásokat. Ha kicsi a VPS, akkor érdemes a MaxClients-et visszavenni és valamilyen szimpatikus PHP opcode cache-el operálni, illetve a fölösleges modulokat mindenhonnan kiszedni.