Ez teljesen korrekt, alapból a hosts fájlt nézi, ha ott nem találja a keresett címet vagy nevet, akkor a DNS-szerverekhez fordul (files dns). A legtöbb (az összes?) Linux disztró így működik.
A probléma ott van, hogy ahogy a fentebbi posztomban írtam, a hostname akkor is az FQDN-t adja vissza, ha megadod korrektül a kvalifikált és a nem kvalifikált hosztnevet egyaránt. Vagyis, jelen esetben az egyetlen járható út a HOSTNAME változóban megadni a sima hosztnevet, majd a hosts fájlban a hosztnevet és az FQDN-t.