A következő "megoldást" találtam.
mplayer Capture0006.mov -dumpaudio -dumpfile Capture0006.wav
Ez kiszedi a hangsávokat.
A Capture0006.wav-ot Audacityvel meg lehet nyitni a következő módon:
Fájl > Importálás > Nyers adat > Kiválasztod a Capture0006.wav-ot > paraméterek : Signed 24bit PCM, Little Endian, 16 csatorna, 48000Hz. A felesleges csatornákat eltünteted, majd Exportálod stereo 16 bites wav-ba vagy más egyéb számodra is megfelelő formátumba. Ezt a fájlt már bármilyen linuxos program tudja kezelni, és az átkódolt videó alá tudod keverni.