Esetleg megpróbálhatod, hogy a file-t feltöltés után Samba share-re másolod valami scripttel (php-ból is hívhatod, vagy a fam is jó erre).
A share-en meg tudsz VFS-sel vscan-clamav-ot definiálni és így kb azt kapod, amit szeretnél.
...vagy ha nem vagy paranoid, akkor simán fam-ből is me tudod csinálni a szkennelést...