Azért nem találsz az ftp logokban semmit, mert nem ftp-n töltötte fel a fájlokat.
Minden egy linux (www-data) alatt fut?
POST-okat nem találtál az apache logokban? Ne csak közvetlenül előtte keress.
Tűzfal van a gépen vagy a gép előtt?
Feltölthetett valamit korábban, ami pl nyitott egy portot kifelé és azon keresztül tolta be a többit. Keress furcsa futó processzt. (Már nem biztos, hogy megtalálod, de hátha.)
Lehet apache, php, joomla, drupal, stb hiba is akár, melyen keresztül bejutott. Keress a friss sebezhetőségek között is.