Sajnos az rdiffdir sem ideális: növekményes módban az adatdeltát helyesen állítja ugyan elő, ugyanakkor az ehhez a friss állapothoz tartozó szignatúra is csak egy delta (szignatúra-növekmény), nem egy teljes szignatúrafa. Ez azért baj, mert az rdiffdir (a teljes duplicity-vel ellentétben) új növekmény előállításakor szignatúraláncot nem tud benyalni, csak egy db szingatúrát. Inkrementum képzéséhez teljes szignatúrafa kell (a duplicity ezt képes dinamikusan összeolvasni szignatúra-növekményekből is). Lásd https://answers.launchpad.net/duplicity/+question/103229 (javasoltam egy megoldást a 4. kommentben, de lusta vagyok nekiállni).
Elküldtem a patch-eket (sajnos a lista-szoftver nagyon lassú): http://lists.nongnu.org/archive/html/duplicity-talk/2012-12/index.html