Általában ez - az amúgy jobb - megoldás nem opció. Viszont azzal nincs baj, hogy sok fájlt csinál, max. amiatt lehet neheztelni a fejlesztőre, hogy miért egy könyvtárba potyogtatja azokat, miért nem egy struktúrába. Az se kizárt, hogy ez nem normális állapot(*).
A levelezésünk most épp félmillió fájlból áll - mailstore -, de egyfelől készültem erre, ezért 2% a foglalt inode, másfelől meg nem is egy könyvtárban vannak, így valamelyest jobban kezelhető.
*) Fél másodperc google után ezt találtam: http://ellislab.com/codeigniter/user-guide/general/caching.html
$this->output->cache(n);
Where n is the number of minutes you wish the page to remain cached between refreshes.
Lehet hogy nem a keretrendszer a hülye :D