Szerintem egy sima clamav megteszi, felrakod a webszerverre és lefuttatod azokon a könyvtárakon, ahol userek által feltöltött tartalmak vannak.
http://www.clamav.net/lang/en/
"ClamAV is an open source (GPL) antivirus engine designed for detecting Trojans, viruses, malware and other malicious threats."
Ha esetleg félreértettem a kérdést, akkor bocsánat, nem teljesen tiszta, hogy mit értesz az alatt, hogy "ezt ismeri valaki?". Lehet, hogy lemaradt egy link? :)
Szerk.: rájöttem, hogy mire gondolsz, a Malware Detect-et nem ismerem (de legalább már tudom, hogy létezik ilyen). Mondjuk egy cron-ból indított, óránként-félóránként lefutó clamav ellenőrzés jó megoldás lehet, de nem tudom, hogy pontosan milyen elvárásaid vannak.