Ami neked kell az egy joomla cloner, de leginkább a http://extensions.joomla.org/search?q=backup oldal, mivel a teljes adatbázishoz és a teljes webroothoz hozzáfér az összes php szkript, így alapvetően nem túl problémás megoldani egy backup modult. Remélhetőleg találsz olyat ami tudja távoli helyre is menteni automatikusan.
Valamelyik joomla clonert egyszer használtam, modulként föltettem, katt katt majd elkészült egy letölthető zip amit egy másik tárhelyre feltöltöttem egy cloner.php társaságába, beírtam az újurl/cloner.php-t, ami kérdezett párat és már kész is volt a klónozás.
Ja és természetesen nagyon ne feledkezz meg a biztonságról, frissíteni frissíteni és persze a nem használt modulokat kikapcsolni.