Az újratelepítés hogyan történt? Mi _nem_ lett legyalulva? Hálózat nélkül, CD-ről bootolva a telepített binárisok md5sum-jai közül eltér-e valamié attól, aminek lennie kell? Ha igen, akkor visszarakni csomagból és chattr +i neki (de egy readonly mountolt / is jó lehet, de tippelem, hogy a /var /tmp /home (ezekre nosuid,noexec mount, ez mondjuk az mc-nek defaultban nem tetszik (noexec), de együtt lehet vele élni) nem külön fs...) Ami a webszerver alatt futkorászik, az mennyire friss, honnan érhető el? Van e ftp-s feltöltés a gépre?
A távolabbi jövőre nézve: ssh csak kulcsos azonosítással, opie beizgatása, chkrootkit felpakolása és rendszeres futtatása.