Alapvetően dokumentum kezelő rendszert szeretnél, ilyen több is van mindenféle platformra. Linuxra a Nuxeo-t és az Alfresco-t szokták javasolni, mint félig-meddig ingyenest (a supportért meg az extra funkciókért kell fizetni, ha szeretnél ilyet). Mindkettő webes felülettel rendelkezik, szóval a kliens oldal (ahol a számlákat szkenneled) lehet windows és linux is. Nekem a nuxeo-val van személyes tapasztalatom, hasonló célra használom, mint amit fentebb leírtál. Szabad szöveges leírást lehet minden dokumentum mellé rakni, ami utána kereshető + van egy olyan funkció, hogy a dokumentumok hivatkozhatnak egymásra: így logikailag egymáshoz lehet rendelni egy szerződést, a teljesítési igazolásokat, meg a számlákat.
A nuxeo-hoz van ubuntus csomag is.