- Alapból plain textben küld mindent (SSL-el javítható, de rohadt körülményes a felhasználóknak)
- Multiport protokoll, nehezen tűzfalazható (pl. owner iptables szabállyal)
- Nincs megoldva a fájlnevek karakterkódolása, ezért rendszeres probléma van a "nem tudom törölni a fájlomat" című játékból.
- Ha szóköz van a fájlnév elején vagy végén, dettó ugyanez a helyzet.
- Folyamatosan el kell magyarázni az end usereknek, hogy kapcsolják be a passzív módot (a többségük router mögött ül).
- Ha sok kis fájlt másolsz vele, akkor a data kapcsolatok nyitogatása rengeteg időt elvesz.