A publish egy telepítőt készít, és mindenhez hozzácsapja azt a kiterjesztést, hogy pl. weboldalról történő letöltés ne okozzon gondot (.exe, .dll és sok minden más fennakadna). Telepítéskor a setup.exe visszanevezi, tehát nem kellene, hogy problémát okozzon. (Egyébként ezt a kiterjesztéses dolgot le is lehet tiltani, de nincs értelme, nem ez lesz a megoldás.) És egyébként sem értem, miért akarsz adatbázist deployolni, pont az a baj, hogy új telepítéskor az üres felülvágná az aktívan használtat.