Ha jól értem, adatbázist is deployolsz a programmal együtt, ez a hiba. A ClickOnce telepítő elég buta, de talán bele lehet nyúlni (első telepítéskor új adatbázis létrehozása vagy régi fájl verzió megtartása). Egyszerűbb esetben inkább a program legyen képes létrehozni az adatbázist az első indulásakor, és ne legyen a deploy része.