Nekem (Csak eclipse+pdt) mind a PHP, HTML, CSS kiegészítés is alapból működik, az általad leírt esetben is.
Negatív tapasztalatom hogy a PHPs kódkiegészítésben nagyobb syntax hibánál elveszti a fonalat, és csak akkor tud kiegészíteni a hiba utáni sorokban ha kijavítottam a hibát és rámentettem. A másik hogy nem tudom beállítani a kódkiegészítés / színezés mikéntjét kézzel, ezért mindig helyes kiterjesztést kell használjak. (.php .inc; .css; .js; .html .htm) (PHP fájlban működik a HTML kiegészítés is)
De szerintem ezektől függetlenül remek IDE, nekem sokkal jobb mint a netbeans.