"sima AVI-ba rögzít a fényképező, tehát nem MKV"
Ezek csak a konténerek, ezekből nem derül ki a tényleges formátum.
Linux alatt nem nagyon fogsz tudni videót szerkeszteni, de ha mégis megpróbálkozol vele akkor egy non-linear multi-track videószerkesztővel, a Kdenlive-el vagy az OpenShot Video Editor-al tedd, azokat még kezelni is fogod tudni.
Egyik sem használható annyira, mint a Sony Vegas, vagy akárcsak a Windows Movie Maker, de elvileg lehet velük videót szerkeszteni, nekem egyikkel sem sikerült, mert tele vannak bugokkal, regressziókkal és így időnként lefagynak, kilépnek, 100%-ra terhelik a CPU-t stb.
Ha csak vágni, filterezni akarod a videókat akkor az Avidemux-ot használd, arra éppen megfelel és sokkal stabilabb, megbízhatóbb.