Nem tudom, hogy van-e szebb megoldás, de pl git-en ezt így csinálnám:
* Bemásolnám a version1-et a project könyvtárába.
* Megírnám a .gitignore fájlt (mit hagyjon ki a verziókezelésből)
* git init
* git add .
* git commit -a -m "initial commit"
* bemásolnám a version2 könyvtárat
* git add .
* git commit -a -m "Version 2"
és így tovább, ha nagyon sok verziód van, írhatsz rá egy scriptet