Nem ez a különbség.
A fájlrendszeren tárolt 1000 fájl 1000 directory entry-t és 1000 fájlt jelent, ahol a keresést a fájlrendszer végzi.
Ha adatbázisban tárolod, akkor az adatbázisnak megfelelő, egy vagy több fájl/raw volume (soha nem partíció) tartalmazza az 1000 fájlt valamilyen rekordszerkezettel, és az adatbázis kezelő végzi a keresést.
Nálam n konténer+index n+1 fájlban van tárolva, és saját program végzi a keresést*. A keresés után egy open() és egy seek() rendszerhívás után lehet olvasni.
Ha nem világos, akkor kérdezz nyugodtan.
*Ebben a rendszerben egy text fájl az index és egy egyszerű awk script a "keresőmotor", mert így is elég gyors. Nagyobb elvárások esetén egy saját adatbázisba kerülnének az indexek.