Igen, erre gondoltam én is, viszont volt olyan configure, aminek ha fájlba irányítottam a kimenetét, a hibát nem rakta bele. Így jöhet a megoldásod, hogy az ellenőrző scriptet gyakorlatilag egy while-ba kéne szervezni, hogy addig menjen, míg nem kap make file-t. Ez meg ugye eléggé gázos, mivel csomószor le kell futtatni a configure-t, ha hibát észlel (kissé lassúvá teszi a folyamatot). Ezért filóztam előzetes függőségkeresésen. De lehet, hogy kiindulok elsőként ezzel a megoldással, s meglátom, mi sül ki belőle (vizsgáltam már egy rakat autoconf fájlt, de nagyon nem egységes, így általános megoldás nem nagyon van rá).
A források amúgy már lefordítva, így már inkább gyakorlás, illetve a "mééé nem tudom megoldani" hergelés van bennem :D