Amit ajálanék:
http://php.net/manual/en/function.php-check-syntax.php
Ez persze deprecated, de lentebb találsz elég sok megvalósítást erre, illetve indítasz egy php -l /a/tmp/file.php -t exec() vagy system() segítségével és várod a kimenetét. Hmm?
die(DIE_HARD);