Az a gond ezzel a módszerrel, hogy nem minden csomagnak van md5sums file-ja, nem minden file-t ellenőrzöl ezzel a módszerrel (config scriptek, initscriptek), sőt lehetnek a rendszeren a dpkg által nem nyilvántartott file-ok is. A semminél mindenesetre több ez is, de nem pótol egy aide/tripwire jellegű megoldást.