Köszönöm a válaszokat megoldódott, csak elfelejtettem megírni.
Szóval a browser.bookmarks.autoExportHTML true értéke miatt jöhettek vissza mindig a fent megjelölt könyvjelzők. Erre meg azért volt szükségem, mert valahol 2.x, valahol meg 3.x-es böngészőim voltak és a 2.x-esnél még nem volt places.sqlite.
Azóta mindenhol frissítettem 3.x-es böngészőkre és a places.sqlite file-t szinkronizálom.