Az initrd-ben is benne van a modul, így már a boot során betöltődik (és ha betöltődik, akkor ugye annyi az egésznek)
echo "blacklist r8169" >>/etc/modprobe.d/blacklist
update-initramfs -u
Ha nem segít, töröld a r8169.ko filet, és úgy generálj friss initrd-t.