Gondolom sikerült olyanra megcsinálni a MonoDevelop programot hogy néha elromlik majd néhány újraindítás után megjavul. Sajnos sok ilyen bugos program van. Ez van.
Tippem: A függőségek átállítása sok IDE alatt okoz furcsaságokat az előre lefordított, beindexelt és bekesselt dolgok miatt. Ezeket egy újraindítás kisöpri.
Parancssori fordításhoz érdemes lehet kipróbálnod a nant rendszert. http://nant.sourceforge.net/ Tudom a fenti posztban épp az ilyen ne ezt hanem azt használd dolgokra akadtál ki. De ez tényleg jó :-)