Nem sok koze van a MS-hez, user error volt.
A tl;dr nagyjabol annyi, hogy a .msi manifestjeben kell egy productcode, ami alapjan rajon upgrade-nel, hogy jahogy ebbol mar van telepitve valami, akkor ez egy upgrade. Na, nalunk ez nem lett megadva, aminek az eredmenye az, hogy minden buildnel mas lesz a GUID. Igy is rajon, hogy valahol match van, viszont ilyenkor nem csinal in-place upgrade-et ("minor upgrade"), hanem leszedi az elozot, es felrakja az ujat ("major upgrade"). Na, nalunk ez utobbi nem jo, mert kell egy token az aktivalashoz.