De miért is? Miért nem csak ott? A frissítés a másik helyen vissza fogja írni.
Ez úgy szokott lenni, hogy a disztribúció készítői valahova a /usr/lib, /usr/share, vagy valahova a /var/lib alá - itt még vannak további alkönyvtárak - teszik a default configot, a ~/.local alá semmit. Ezért alapértelmezett módon működni fog. Ha viszont a felhasználónak speciális igénye van, azt a ~/.local vagy ~/.config alatt létrehozott file-ban elmeséli az adott alkalmazásnak, s az alkalmazás elsődlegesen ezt veszi figyelembe. Ha itt nincs neki szóló file, akkor megy tovább, s keresi a rendszer által szállítottat, s működik abból.
Annak tehát semmi értelme, hogy mindkét helyen javítsd, ugyanis az is előfordulhat, hogy a ~/.local-ban rossz névvel vagy alkönyvtárban van, és csupán azért működik, mert a system default-ot felülírtad. Most örülsz, mert elfedted saját hibádat, majd egy frissítés visszaírja a system default-ot, aztán megint lesz sírás. Így tehát nem tudod, hogy mitől működik.