Uhh ebbe már belefutottam, és ez nem java hiba hanem a felugró ablakot valahova a képernyőn túlra pozíciónálja a progi. Ha jól emlékszem ESC vagy alt+f4 -el bezárja az ablakot és akkor újra használható a main window. Emlékeim szerint valamelyik config fájlt ha kitöröltem akkor megoldódott a probléma. (Talán ez: abevjava/beallitasok/settings.enyk)