Itt:
https://askubuntu.com/questions/2389/how-to-list-manually-installed-pac…
Több lehetséges megoldást tárgyalnak a kézzel telepített csomagokkal kapcsolatban.
Azonban azt hozzátenném, hogy pl. Ubuntu alatt lehet több repository-d ahonnan a csomagok jöttek. Ezek lehetnek hivatalos, akár egy céghez tartozó PPA repok, de lehetnek egy személyhez tartozó repó(k) ami(k) azóta mondjuk elhagyot(tak) lett(ek), vagy valami egyéb van velük. /etc/apt alatt érdemes nézelődni:
https://help.ubuntu.com/community/Repositories/CommandLine
apt tapasztalat nélkül nem egyszerű visszahozni a rendszert, de nem is lehetetlen.