Sajnos sehogy máshogy nem fog menni, csak binárisan. Vagy bezárjátok virtualizált-emulált környezetbe. A CP852 kb. semmivel nem kompatibilis, se az előtte lévő kódolásokkal, se az utánuk használt iso-latin1/2-vel, UTF-ekkel.
Clipper helyett nem az AutoIT-et ajánlom, mert az is csak Windows only, hanem a Harbour való állítólag erre, egy xBase/Clipper-kompatilbis, modern, FOSS GPL fordító, multiplatformos, konzolos alkalmazásként szerintem bármire tudsz vele fordítani, minimális átírás árán.
Vagy a másik még jobb, amit írsz, hogy SQL import, és ahhoz esetleges valami webformos frontend.