Nem ezen cikk alapján, hanem általában: a kettő közül a Flatpak jobb. Persze körülményektől függ, hogy melyik alkalmazásról van szó, meg melyik disztróról.
Pl. én a Flatpak, Snap, Appimage trióból egyiket se szeretem, de az utóbbit preferálom, mert egyébként a natív csomagokhoz ragaszkodok. Az Appimage-hez semmit nem kell telepíteni, semmilyen demont, csak letölteni az Appimage formátumú appokat, futtatási jogot adni nekik, és futnak, magyarul nagyon portable. Viszont Appimage-ből nem olyan nagy a választék, meg sokszor csak nem hivatalos csomagok vannak, illetve a csomagverzió se mindig a legfrissebb, és a legtöbb nem tud frissülni.
Ha nem Appimage, akkor meg mindenképp a Flatpak, bonyásabb, mint az Appimage, de ebből van a legtöbb csomag, és a legtöbb hivatalos csomag, legfrissebb verziók, meg még kevésbé szutyokabb, kevésbé lassabb, mint a Snap, plusz több disztrón támogatott, mint a Snap, és ahogy a cikk is írja, legalább a backend-je legalább FOSS. Snap-et kerülném, mint a dögvészt, hacsak nem olyan appot keresel, ami csak a Snap store-ban van meg, vagy nem egyébként is Ubuntut használsz, ahol már alapból fent van a Snap és mindenképp használnád is.