Te ismered a saját rendszered, cms-d, website-od, így erre a kérdésre neked kell tudnod válaszolni. Senki nem fogja tudni helyetted kitalálni.
Általános esetben van valami konfigfájl, amiben esetleg szerepel a root directory. Ott felül tudod írni. Pont ennek elkerülésére a legtöbb helyen relatív hivatkozásokat használnak, így nem lényeges a root directory helye.