Nem a $PWD-ből veszed hanem egy saját mondjuk WORKDIR változóból.
A WORKDIR-t meg a docker-compose előtt beállítod.
WORKDIR=/opt/app/akarmi docker-compose -f ...
A "docker szép" megoldás amúgy a volume-ok használata lenne. Előre létrehozod a volume-okat (akár egy scripttel) és a compose-ban már nincsenek elérési utak csak volume hivatkozások.