Nem tudom mi lehet a probléma oka, de ha cpanel fájlkezelőjében mindent látsz, akkor azzal is letudod tölteni a képeket.
A fájlkezelőben be ZIP-eled az uploads könyvtárat és letöltöd a zip-et.
Persze ehhez kell, hogy legyen még annyi szabad terület a tárhelyen, mint az uploads mérete.
Vagy cpanelben csinálsz egy biztonsági mentést a tárhelyről.
Igaz abban minden benne lesz, de a képeket már külön tudod szedni a gépeden...