Hú, ez jó kérdés. A csomagkezelők általában tudnak olyat, hogy kilistázhatod azokat a telepített csomagokat, amik nem függőségként kerültek fel, később ezeket felteheted. Olyan viszont szerintem nincs, ami a módosult konfigokat is vizsgálja. Ha az utóbbi kell, arra inkább szerintem a NixOS való, ott az egész Linux telepítés egy nagy konfig fájl alapján megy reprodukálhatóan, bár egyedi konfigfájlokat később telepített alkalmazásnál nem tudom mennyire tud az is menteni.