Valószínűleg leállításnál valami gond van a hangerőbeállításokat kezelő scripttel (/etc/init.d/alsa*, disztrofüggő), így néha hülyeséget/semmit tárol el, indításnál pedig ezért alapbeállításra (minden némít) áll vissza.
Tárold el kézzel: állítsd be a megfelelő hangerőket, majd konzolba:
sudo alsactl store