Nálam ez már rendes program, nem próbálnám meg makrókkal vagy nemtudommivel. Főleg mivel nem is tudok makrókat programozni :-).
Vannak libek, amik kezelik az XLS-eket. Olyannal kinyitnám a két fájlt, és azzal megcsinálnám. Például Apache POI van Java-hoz, alapvetően működőképes.
Ha nagyon egyszerű a táblázat szerkezete, akkor soralapú exportot csinálnék, és azt text feldolgozó eszközökkel gyúrnám, aztán visszacsinálnám táblázattá. Mármint elvben ez is működhetne, de én alapvetően program párti vagyok egy bonyolultsági szint felett.