Szerintem a váltás akkor tud működni, ha olyasmit készitesz mint a cloudlinux, tehát vagy már úgy jön az iso, vagy pedig tényleg egy soros installer megold mindent és nem kell hackelni. Ha jól értem akkor PHP szinten van megoldva a biztonság? Nem gondolkoztál róla hogy már webszerver konténert indítson és abba menjen minden (cloudlinux pl igy oldja meg), ezzel elég személyreszabható környezetet tudsz adni a usernek kb mindentől függetlenül.