Jó régen használtam már mencodert, mostanában inkább csak ffmpeg-et, anno nem talákoztam ilyen problémával. Ha máshogy nem megy, mpv/mplayer-rel -ao pcm kapcsolóval ki tudod nyomni a hangsávot wav-ba, azt lame-mel kódolni és rámuxolni a videora.
Szerk: na közben eszembe jutott, próbáld meg a hangsávot megadni így hogy -aid 128