Ez jól hangzik - de igaz-e?
Nyilván nem azt a részét vitatom, hogy az egyetlen byte tárolásához is a teljes allokációs egységet, mondjuk 4k-t le kell foglalni és hogy így igazábol 4097 byte nem használt, de lefoglalt.
Abban viszont közel biztos vagyok, hogy amikor a df parancsot kiadod, akkor az nem áll neki összeadogatni a fájlméreteket, hanem a szabad/foglalt terület nyilvántartásból indul ki - ennek megfelelően az 1 byte-os file-ra is 4k-t fog számolni, mint használt terület. És még igaza is van, mert fs szempontjából ez az 1 byte érdemi tartalommal rendelkező file biza 4k helyet foglal.
Csak ha ezt elfogadjuk, akkor a magyarázatod valójában nem magyarázza a problémát, mert a df esetén pont nem igaz.