Abszolút nincs igazad, soversion-t visszafelé inkompatibilis változáskor szokás növelni. Szerinted ha új feature-ök, új függvények megjelenésekor növelnék, akkor a readline most 5-nél tartani, a libstdc++ 5-nél, a glibc 6-nál, a glibc legtöbb kiegészítő libje 2-nél, az ncurses 5-nél, a zlib és libbz2 1-nél stb... tartana? Szerintem párszáz körül járnának mind.
Az általad említett problémára a megoldást általában az nyújtja, hogy a csomagkezelő, amikor mondjuk readline 4.3-hoz fordítasz és linkelsz valamit, akkor beteszi a csomagba, hogy legalább 4.3-as readline kell neki; ha 4.2-es mellé felerőszakolod, akkor kétesélyes, vagy menni fog, vagy nem. Ha pedig 4.2-höz akarod fordítani, és neki tényleg 4.3 kellene, akkor a fordítás már a header fájlokon el fog hasalni.