Mi lenne, ha a hplip-et lefordítva egy külön könyvtárba telepítenéd, pl. /usr/local vagy /opt vagy ilyesmibe, tehát a csomagkezelő hatáskörén kívül. A CUPS-ot rábírod, hogy ebből a könyvtárból szedje az információkat (talán ppd fájl, meg nem is tudom, mik kellenek még), és kész.
A rendszerbe meg telepíted a "hivatalos" hplip-et, mindennel együtt. Ha frissül a hivatalos hplip, semmi gond, mert a nyomtatáshoz használtat nem érinti a történet.
Persze arra kell figyelni, hogy ha a saját hplip-ed valamelyik függősége frissül, lehet, hogy újra kell fordítanod - de ez nem jelent többletmunkát a saját repóhoz képest, mert alkalmanként ugye ott is újra kell fordítani.