A kérdés érdekes, azonban nem fogom fel, hogy minek az ilyen bonyolítás. Ha lemezen amúgy is van hely, miért kell a pendrive? Amúgy pedig pendriveról is lehet bootolni (néhány éve már), és a kernel nem egy nagy valami (1-2 MB), tehát elfér a többi mellett.
Egy kis olvasni való:
http://www.pendrivelinux.com/
http://applications.linux.com/applications/05/07/08/1522237.shtml?tid=13