A "python program" az micsoda pontosan? Tehát amire ráhúzod a bemeneti file-t. Egy .py file? Vagy pedig valamilyen előfordított .exe?
Elsőnek azt nézném meg, hogy nincs-e valamilyen beállítás, hogy a .py file-okat automatikusan adminisztrátorként indítsa. Ugyanis az UAC-nál szokott ez lenni a viselkedés, hogy a C:\Windows\System32 lesz az aktuális könyvtár, pl. ha command ablakot nyitsz UAC használatával. Ennek eredetileg az az oka, hogy ne lehessen úgy trükközni, hogy adminként nem odafigyelve véletlenül lefuttatsz valami olyat relatív hivatkozással, ami a sima usered home könyvtárában van, és kártékony file.