Először is: az MQTT és a JSON nem egy szinten lévő protokoll, MQTT-n küldhetsz például JSON-t... szóval szerintem te itt a HTTP-re (és REST-re) gondolsz, csak a Domoticz hülyén nevezte el az API-t.
Elvileg teljesen mindegy... amelyik kényelmesebb vagy jobban érthetőbb. MQTT kompaktabb protokoll, a HTTP meg átmegy akár proxy-n is.