Ha neked volnék 'sudo Windows'-ra googléznék, szerintem nem te vagy az első ezzel a kérdéssel.
Off: unix-ban (Aix/Linux) úgy csinálom ezt, hogy van ott egy wakeup nevű fájl, abba írjon valamit (bármit) a felhasználó. Ez nem fog sikerülni, mivel az igazából egy pipe. Mindenesetre a "túloldon" a 'cat wakeup' ettől felébred, és lefut a feldolgozó script.