Szintén ext4 az elsődleges javaslatom. Tapasztaltam már problémákat ilyen környezetben ntfs-el. Linux alatt, Samba stb. megosztásokra semmiképpen nem használnám. Nem lesz elég stabil és a rendszer terhelése is néha meglepően magas lehet.
Btrfs se volt problémamentes RPI-s környezetben.
Ext4 teljesen jól működik, több RPI, BPI gépen is, évek óta hasonló felhasználási területeken.