Zim Desktop Wiki-t próbáltad már? Kanban-t explicit mondjuk nem tud, de hibrid notepad/task editor, dokuwiki-mintájára készült jelölőnyelvvel, metaadatok kezelése mondjuk nem mindig egyértelmű, tagelés pont úgy megy, ahogy írtad, tasklist-plugin is szerintem olyan amilyennek írod, a jegyzetek naptárban vagy könyvtár szerkezetben rendezhetőek... Nem mondom, hogy egy-az-egyben az amit szeretnél, de leírásod alapján nagyon közel áll hozzá. Persze vannak hiányosságai is.
Ami neked kell az egy GTD-tool... Vagy valami olyasmi.