Szerintem nezd meg, hogy ezek nem-e mindig ugyanakkor tortennek (valami cronjob?), mysql konfig szerint hova logol (hatha mashol kell keresni az error.log-ot), dmesg-ben nincs-e valami (netan oom killer dolgozik?), ha syslogban nincs semmi, esetleg daemon log vagy journalctl hatha tobb logot rejt.
Vegso esetben kiprobalni kikapcsolni/csak logolasra allitani (nem ismerem apparmort tud-e ilyet) apparmort, hogy lasd akkor is megall-e, meg hatha akkor tobbet logol.