Kész scriptről nem tudok, viszont amit fentebb írtam, az működhet.
Vázlat szinten a megoldás: soronként dolgozod fel. Ha a sor '#' jellel kezdődik, akkor a sort csak megjegyzed (írhatod mondjuk a /tmp/$$.rem állományba), ha nem így kezdődik, akkor előveszed (awk print) a fájlnevet és ellenőrzöd, hogy létezik-e? Ha létezik, akkor a korábbi megjegyzés sorokat és az aktuális adatsort kiírod egy másik átmeneti állományba (pl. /tmp/$$.ncron), ha nem létezik, akkor ez a sor kimarad. Nem megjegyzés sor feldolgozásának utolsó lépése mindenképpen az legyen, hogy a korábban megjegyzett megjegyzéssorokat törlöd! Amikor az eredeti állomány feldolgozása befejeződött, akkor a másik átmeneti állományba előállt az új tartalom, amelyből a korábban törölt fájlok kihagyásra kerültek.
Elméletileg ennyi - de persze ezt meg kell írni, a scriptet le kell tesztelni, a talált hibákat ki kell javítani. :-)